La iglesia de San Marín original fue construida en el siglo XII, poco después de la conquista cristiana de la localidad.
Sufrió transformaciones en la segunda mitad del siglo XVI, probablemente patrocinadas por el barón de Espés. Aunque ignoramos el alcance de estas reformas, probablemente fueron importantes y conllevaron una ampliación y reorientación del primitivo edificio.
La reforma que le otorgó su aspecto actual tuvo lugar entre 1767 y 1785.
Sufrió importantes daños durante la Guerra Civil, siendo restaurada a mediados del siglo XX.
En fechas recientes ha sido sometida también a pequeños trabajos de restauración. En abril de 2007 se produjo el derrumbamiento de la bóveda de la cabecera. Los daños han sido subsanados entre 2008 y 2011.